Empezó en la primavera de 1502. A final de junio llegó a lo que es hoy la República Dominicana. Allí había sido gobernador, pero ya no le permitían bajar a tierra siquiera. Los reyes le habían permitido sólo ser expedicionario. Descubrir tierras, levantar mapas. Fue un mal gobernante y no supo mantener el orden ni con los españoles en tierra ni con los indios, pero era un gran marino. Allí Colón dijo al gobernador que se aproximaba un gran huracán, cosa que no le creyeron porque pensaron que era una excusa para bajar a tierra. El gobernador necesitaba mandar una flota hacia España, y desoyendo las indicaciones del almirante envió a las embarcaciones que se encontraron con el huracán que hundió casi toda la flota. Colón se había marchado y se refugió penosamente, pero quedaron las naves muy dañadas.
Su objetivo seguía siendo navegar hacia las tierras de oriente yendo por occidente. Navegaron hasta encontrar tierra y llegaron a la actual Honduras. Fueron costeando hasta lo que es Panamá. Allí encontraron un gran bahía, una entrada que daba un paso hacia oriente. Pensó que había dado con un foso que abriría el paso al para cruzar por mar hacia el otro lado. El pasaje llegaba solo hasta una laguna, hoy llamada . Se marcharon de allí y durante más de dos meses navegaron por un mar embravecido. Las naves estaban en un estado lamentable. Se refugiaron unos días, arreglaron como pudieron las embarcaciones y penosamente regresaron en lo que es la entrada del canal. Si hubiera explorado por tierra junto al río hubiera visto el otro lado, lo que consiguió Núñez de Balboa diez años después, en 1513, ver el océano Pacífico.
Siguieron hasta que el 24 de febrero de 1503, Colón fundó el primer asentamiento español en territorio continental, Santa María de Belén. Los españoles tuvieron frecuentes conflictos con los indígenas, por lo que el hermano del almirante, Bartolomé ordenó el arresto del rey Quibián y toda su familia. El monarca logró escapar arrojándose al río desde la canoa donde se encontraba encadenado, por lo que sus captores lo creyeron ahogado. Una vez en tierra, logró convencer a las demás tribus de atacar Santa María de Belén. Lograron una alianza de paz con varias tribus indígenas, principalmente con la del rey Quibián de Veragua (actual República de Panamá), el que se entrevistó con Colón a bordo de una de sus naves. Luego de varios exitosos ataques por parte de los indígenas, Santa María de Belén fue abandonada por sus habitantes, quienes partieron nuevamente a España.
Colón, por otra parte, ya con 51 años y con artritis parte con dos carabelas, la Capitana y la Santiago, y dos naos, el Gallego y el Vizcaíno. Sin embargo, una incursión de carcoma en la flota le obligó a encallar las naves en Jamaica deliberadamente el 25 de junio de 1503. Inicialmente, los nativos dieron la bienvenida a la flota, proporcionándoles alimento y refugio. Pero a medida que los días se convirtieron en semanas las tensiones aumentaron. Después de 6 meses de estancia, algunos hombres de la tripulación mataron a unos nativos. Se les negó la comida, el hambre y la venganza eran inminentes y Colón tuvo la suerte de que al consultar el libro de un matemático y astrónomo alemán encontró que el siguiente eclipse lunar sucedería el 29 de febrero de 1504. Sabiendo esto, tres días antes del eclipse, Colón pidió reunirse con el líder de los indígenas para informarle que el Dios cristiano estaba muy enojado con ellos y que sufrirían las “consecuencias”. Así que, para mostrar su enojo, en tres días “las llamas de la ira” harían desaparecer la luna del cielo.
De hecho, ocurrió lo que dijo Colón. Comenzó el eclipse y la “luna sangrienta” hizo su aparición. Según el hijo del navegante, los nativos se encontraban sumidos en tal terror que de inmediato pidieron a Colón que “hablara con Dios” para devolver a la luna a su tamaño original.
Entonces Colón se encerró en una cabaña durante 50 minutos, aparentemente para hablar con el altísimo. Usó su reloj de arena para registrar las fases del eclipse y, justo antes de que llegara a su fin, anunció que Dios estaba de acuerdo en “devolverles” la luna. Así pues, los nativos agradecidos los alimentaron y ayudaron hasta su partida por el Caribe el 29 de junio de 1504. Un año había estado allí hasta que fue rescatado.
Durante ese tiempo Colón ya no era necesario, era una rémora estaba olvidado en España. En una carta a los reyes se quejaba amargamente de su suerte. Dijo que vio evidencias de oro fabulosas. Podrían la cristiandad recuperar Jerusalén.
Por entonces el marino y cartógrafo Juan de la Cosa que había viajado con Colón en el primer y segundo viaje, participó como piloto mayor en la expedición de Alonso de Ojeda a las costas del continente sudamericano. A su regreso a Andalucía dibujó su famoso mapamundi y poco después volvió a embarcarse hacia las Indias. En los años siguientes alternó viajes a América bajo su propio mando con encargos especiales de la Corona. Es su mapa, al norte, dice “Mar Descubierta por los Ingleses”. Juan Caboto, navegante y explorador genovés, por encargo del rey inglés había llegado a la parte continental de Norteamérica. Llegó a la costa de Terranova el 24 de junio de 1497, creyendo que eran las costas asiáticas de Cipango.
Además Pedro Álvares Cabral en el año 1500, siguiendo la ruta recién inaugurada por Vasco da Gama, alrededor de África inició una expedición en nombre del rey de Portugal. El objetivo era regresar con especias valiosas y establecer relaciones comerciales en la India. Su flota de trece navíos parece que se desvió accidentalmente de su ruta, aunque es posible que buscara conscientemente visitar las tierras americanas que le habían correspondido a Portugal en el reparto con Castilla realizado por el Tratado de Tordesillas (1494), de esta manera arribó a lo que, inicialmente, se pensó que era una gran isla que sería la “Terra de Vera Cruz”. Como el nuevo territorio se encontraba dentro de la órbita portuguesa de acuerdo con el Tratado de Tordesillas, Cabral envió una nave con la noticia al rey Manuel I de Portugal. Había reivindicado para Portugal las tierras que más tarde constituirían lo que hoy es Brasil.
En fin, Colón ya viejo, se embarcó en una carabela y llegó a Sanlúcar de Barrameda, Cádiz, el 7 de noviembre de 1504. Veinte días después de su llegada, moría la reina Isabel.
De Cádiz pasó a Sevilla, de ahí a Segovia y de aquí a Valladolid tratando de entrevistarse con el rey Fernando el Católico para comentar el resultado de sus últimas expediciones y para negociar los privilegios que habían sido rebajados ostensiblemente por los Reyes sin contar con el Descubridor. Nunca lo consiguió.
Al llegar a Valladolid se empezó a sentir mal y sufrió un ataque al corazón. Colón murió, sin honores, en Valladolid en 1506, a los 55 años de edad. El destino quiso que ni él ni la reina Isabel supieran que se había descubierto un continente desconocido. Se pensaba que eran un conjunto de islas cercanas a la India.
Pero la vida lo llevó más allá de sus sueños, donde la pasión se hace materia y la realidad se impone. Una vez más el destino quiso estar a favor del hombre que marcaría con su gesta un punto épico de la humanidad: que él nunca supiera la verdad, que muriese con su deseo cumplido.
Aunque los hechos eran todavía más inconmensurables, más grandiosos que lo previsto, realmente había llegado a un nuevo mundo.