Nació en Montilla (Córdoba) en septiembre de 1453 y murió en Granada en diciembre de 1515. Perteneciente a la Casa de Aguilar, una casa nobiliarias importante de Andalucía, fue paje en la corte de Castilla. Tuvo como trabajo ser el protector de Isabel de Castilla y enseñó a su hermano Alfonso, las primeras nociones de la lucha. - En 1465, Isabel tenía solo catorce años, pero ya se percataba de los peligros que la rodeaban a ella y a su hermano Alfonso de dieciséis años. Pero los hermanos estaban separados, Alfonso protegido por Gonzalo de Córdoba.
En la guerra de Alfonso contra el rey de Castilla, Enrique IV, su hermano de padre, en agosto de 1467 ambos se enfrentaron en la Segunda Batalla de Olmedo. Realmente ninguno fue vencedor claro, pero el rey Enrique no se atrevió a proclamar su victoria ante sus tropas, cosa que si hizo Alfonso aconsejado por su valedor, experto en asuntos militares. Se dice que en realidad en que combatió con la armadura de Alfonso fue Gonzalo de Córdoba.
Poco después abandonó la corte, y fue luego llamado por Isabel al proclamarse reina de Castilla. Sirvió desde entonces a los reyes Isabel y Fernando. En la guerra de Sucesión Castellana que se produjo de 1475 a 1479 por la Corona de Castilla entre los partidarios de Juana de Trastámara, (La Beltraneja) del reino de Portugal, por el reino de Castilla, luchó a las órdenes de Fernando.
Entre 1482 y 1492 tiene lugar la guerra de Granada y participa en ella con treinta años. Ocupan ciudades, plazas fuertes y castillos, junto a una astuta intervención de Fernando en los conflictos internos de la familia real granadina, se da un importante y decisivo empuje al conflicto. En 1486 a febrero de 1489, la guerra se acerca a su clímax. Tuvo lugar la escaramuza en Almorava, a las afueras de Granada, la primera hazaña importante de Gonzalo y el campo donde, ya convento jerónimo, muchos años más tarde reposaran sus restos mortales.
Gonzalo, en Íllora sigue su lucha pero también frecuenta la amistad con Boabdil. Y defendiendo el diálogo entre cristianos y musulmanes, entre 1487 y 1489 será el héroe de las calles de Granada porque cree que la mejor solución para Granada es el pacto con beneficiosas consecuencias económicas, y no la guerra, justo lo contrario de lo que opina la línea de la casa real. En la primavera de 1489 la corte anunció la nueva campaña militar, iniciándose en abril el asedio. A fines de este año se rinde Baza, y poco después Almería y Guadix. En 1490 comienzan las difíciles negociaciones de uno y otro lado para la paz, con Gonzalo como uno de los interlocutores, y en el verano de 1491 empieza el asedio a Granada desde el construido campamento de Santa Fe. Las negociaciones terminan con la toma de Granada el uno de enero de 1492. Los servicios que prestó durante aquella campaña fueron premiados con la encomienda de la Orden de Santiago, además de otras rentas y señoríos.
Tenía el título de cinco ducados como condecoraciones. Luego fue capitán en Nápoles en 1494, Lugarteniente General de Apulia y Calabria en 1501. Participó en la batalla de Atella y en la de Ostia en la 3ª Guerra Turco-Veneciana, en la batalla de Cefalonia, 2ª Guerra de Italia, y en Ceriñola y Garellanc en Francia en 1503.
Su disciplina militar destacó de forma brillante, tanto por la excelente relación que tuvo con compañeros y con los hombres que comandaba los cuales le admiraban, como por la mente estratégica tan brillante e innovadora que tuvo en el campo de batalla lo que le llevó a obtener grandes victorias tanto en Granada como en otras campañas que se llevaron a cabo en Italia y que lo convirtieron en virrey de Nápoles.
En Italia sostendría una larga guerra por la hegemonía en la región contra Francia. La invasión francesa de Nápoles reclamando la herencia de la Casa de Anjou fue respondida con una campaña de dos años (1494-96) dirigida por Fernández de Córdoba, que derrotó a los franceses y repuso al monarca napolitano, perteneciente a la familia real aragonesa. Los éxitos de aquella guerra (como la toma de Reggio, Atella y Nápoles) le valieron el sobrenombre de Gran Capitán y el título de duque de Santángelo. Las innovaciones militares que puso en práctica don Gonzalo Fernández de Córdoba durante los primeros compases de las campañas de Italia representaron la última evolución del arte de la guerra durante el siglo XV. A partir de ese momento, tanto sus actores como sus formas y medios cambiaron por completo y para siempre. Gracias al Gran Capitán, el mundo contemplaría el nacimiento de la estrategia y la táctica modernas, en las que los infantes españoles hicieron un uso cada vez más extendido de las armas de fuego.
La muerte de la reina Isabel la Católica en 1504 marcó el inicio de la caída en desgracia del Gran Capitán. Su enfrentamiento con Fernando el Católico alcanzó un punto culminante a raíz del Tratado de Blois (1505), por el que el rey devolvió a la Corona francesa las tierras napolitanas que Fernández de Córdoba había expropiado a los príncipes de la Casa de Anjou y había repartido entre sus oficiales. En 1507 Fernando viajó a Nápoles para tomar posesión de su nuevo reino, momento en que cuenta la leyenda que exigió al Gran Capitán que rindiera cuentas de su gestión financiera; en todo caso, fue depuesto como gobernador de Nápoles, donde nunca regresó a pesar de sus protestas.
En 1507, Fernando lo sustituye por el Conde de Ribagorza. No en vano, en ese momento las relaciones entre Francia y la Corona hispánica se encontraban en el campo de la cordialidad. En junio de 1507, el Rey francés organizó un banquete al que invitó a Fernando El Católico, a Germana de Foix y a Fernández de Córdoba, donde se sinceró como un admirador del hombre que había vencido a sus ejércitos. “Mande Vuestra Señoría al Gran Capitán que se siente aquí; que quien a reyes vence con reyes merece sentarse y él es tan honrado como cualquier Rey”, afirmó Luis XII según la leyenda. Aquella actitud despertó el recelo del desconfiado Rey aragonés, que vio su papel de protagonista desplazado por uno de sus vasallos.
Fernando buscaba con su visita y con el Tratado de Blois consolidar el control a largo plazo sobre sus posesiones italianas. Y para ello favoreció a la nobleza local con las prebendas, tierras y cargos que hasta entonces habían correspondido al Gran Capitán y a sus hombres de confianza.
Al fallecimiento de Isabel la Católica, el Rey Fernando investigó los rumores que acusaban a Fernández de Córdoba de apropiación de fondos de guerra durante el conflicto italiano, lo que unido a los temores de que se pudiera cambiar de bando por el nuevo Rey de Francia que lo había agasajado. Bien es cierto que no existen pruebas de que el Rey exigiera directamente cuentas al militar cordobés, y mucho menos de que éste contestara en palabras tan gruesas , lo que por descontado le habría costado ser apresado, pero sí se conserva en el Archivo General de Simancas una detallada lista de gastos redactada por el Gran Capitán sobre su actividad en Italia. El documento demuestra, presumiblemente, que el cordobés no cometió corrupción y dio origen a que la expresión “Las cuentas del Gran capitán” se vincule todavía hoy a la meticulosidad en el lenguaje popular.
Maquiavelo en su famoso tratado de “El príncipe”, encaja a Fernando a la perfección en el papel de rey cruel y desconfiado. No obstante, el aragonés no fue un Rey especialmente ingrato, como Felipe V con Blas de Lezo, ni desconfiado, como Felipe II con el Gran Duque de Alba. O Felipe IV con el General Spínola. Si acaso fue un gobernante muy pragmático.
El aragonés creía que el Gran Capitán ya había sido convenientemente recompensado y lo retiró. Su retiro distó de ser un castigo como relata la leyenda e incluso, en varias ocasiones, el Monarca meditó enviarle de nuevo a Italia.
Quizá sus hazañas no fueron pagadas como correspondían, pero ni se murió de pena ni perdió por completo el favor real. Lo único que extravió definitivamente fue la vida a los 62 años en Loja (Granada) a causa de un brote de fiebres cuartanas, enfermedad que sufría cada cierto tiempo. La tragedia quedaba dispuesta para ser moldeada a placer por los escribanos de la emergente Monarquía hispánica en los reinados de Carlos I y Felipe II, donde se reclamaron de forma urgente héroes acordes a los nuevos tiempos.
Semanas después de su muerte llegaron decenas de cartas de condolencia a su familia, entre ellas la del Rey Fernando, que invocaba su vieja amistad, y la del joven Carlos de Habsburgo, quién había oído desde niño la historia de su odisea italiana. Curiosamente, Fernando moriría solo un mes después.
