Volverían los almorávides sobre Valencia por tercera vez, sufriendo otro descalabro más.
Por su parte Alfonso I de Aragón, “el Batallador” luchando contra las Taifas, dio un impulso definitivo a la reconquista del valle del Ebro: tras tomar Egea de los Caballeros, Tauste (1106), Tamarite (1107) y Morella (1117), y detener una ofensiva musulmana en la Batalla de Valtierra (1110). Para estas fechas el rey de León ya era Alfonso VII, que con sus incursiones periódicas y del aragonés Alfonso I el batallador, que conquistó Zaragoza en 1118, supusieron el principio del declive almorávide, dando muestras de debilidad en lo militar. Con la conquista de Zaragoza en el 1118 dio un impulso definitivo a la reconquista del valle del Ebro, tomando importantes ciudades como Tudela, Tarazona, Calatayud, Alhama, Daroca, además de repoblar Soria y la derrota almorávide en la Batalla de Cutanda (1120), que acaba con las posibilidades almorávides de reconquistar Zaragoza. Su empresa más audaz fue, sin embargo, una expedición contra Granada, en la que se adentró profundamente en territorio musulmán, al frente de un ejército de aragoneses, normandos y bearneses: en menos de un año (1125-26) recorrió Teruel, Valencia, Játiva, Murcia, Baza, Granada, Motril, Málaga, Lucena, Córdoba, Alcaraz, Cuenca, etc.
Aunque no hizo conquistas en aquella ocasión, sí logró un gran botín y se le incorporaron muchos mozárabes que, a su regreso, contribuyeron a repoblación que era tan necesaria en los territorios despoblados.
El reino de Portugal conquistó Lisboa en el año 1147 y el catalán Ramón Berenguer IV ocupa Lérida. Poco a poco Castilla y León consiguió dominar el valle del Guadiana y de los pasos de Sierra Morena.
Poco a poco Castilla y León consiguió dominar el valle del Guadiana y de los pasos de Sierra Morena. Las cosas se iban complicando para los musulmanes. Aragón y Castilla-León se habían repartido los territorios de Al-Andalus delimitando las zonas de conquista, lo que disparó la alarma. Además, Alfonso VII de León, junto con el conde Ramón Berenguer de Barcelona y García Ramírez IV de Navarra tomaron Almería en el 1147, que era una de las Taifas más poderosas.
En el año 1144 un sufí, Ibn Qasi comienza un movimiento anti-almorávide y van apareciendo territorios musulmanes con gobiernos independientes que constituyen las llamadas segundas taifas. Todas muy efímeras, y la mayor parte de ellas sucumbieron en menos de un lustro al Imperio almohade, salvo la Segunda taifa de Murcia, que regida por el Rey Lobo resistió al poder norteafricano hasta 1172 gracias al apoyo del Reino de Castilla. Caso distinto es la Taifa de Mallorca, que siguió en manos almorávides debido a su carácter insular.
En 1147, el ejército comandado por el líder almohade Abd Al-Mumin llegó a España y conquistó una gran parte del sur de España, incluidas las ciudades de Cádiz, Málaga y Sevilla. En 1172, su hijo ( Abu Yaqub Yusuf), completó la conquista de Al-Ándalus con la toma de la taifa de Murcia y poner fin a la última taifa de este período en la península, todavía quedara la taifa de Mallorca, que finalmente caerá en 1203.
Su sucesor consiguió una tregua para ir a África. Alfonso VIII de Castilla, firma la tregua, pero la rompe cinco años más tarde, cuando se propone tomar Sevilla. El combate se desarrolla el 18 de Julio de 1195 en Alarcos, próximo a Ciudad Real, con una evidente inferioridad numérica del ejército Cristiano. El rey castellano, no pudo o no quiso esperar las ayudas de otros reinos y se adelantó a iniciar el combate. Realmente fue una batalla librada entre las tropas de Alfonso VIII de Castilla y las Almohades de Yusuf II. La batalla de Alarcos fue una humillante derrota cristiana, que confirmó las estrategias militares que llevó al Rey Alfonso VIII a huir al galope hacia el castillo de Malagón y al día siguiente partió hacia Toledo.
La derrota castellana fue un importante retroceso en la expansión castellana, desestabilizó por completo al Reino de Castilla y frenó todo intento de reconquista hasta años después
Pudo tomar la revancha Alfonso VIII de Castilla en la famosa Batalla de las Navas de Tolosa en 1212. Se unieron las tropas del rey castellano, las aragonesas de Pedro II de Aragón, las navarras de Sancho VII de Navarra y por voluntarios del reino de León y del reino de Portugal contra el ejército numéricamente superior del califa almohade Muhammad an-Nasir en las inmediaciones de la localidad jienense de Santa Elena. Esta victoria fue fundamental, de tal forma que se señala como el verdadero inicio del declive del poder almohade en la península.
El reino de león no había en Cortes su participación en la batalla debido a una importante deuda que Castilla mantenía con León, y a pesar de reconocerla no la saldaba. No obstante autorizaron a los voluntarios que quisieran acudir.
La batalla de las Navas es la primera gran derrota de los almohades en lucha campal. El desastre bélico que llevó a los almohades al comienzo de su descomposición como Imperio, declive al que se sumó la muerte del califa, Al-Nasir que era asesinado por sus cortesanos.
El poder musulmán se fue dividiendo y cayendo lentamente. En los mapas se aprecia perfectamente esto datos. El importante califato de Córdoba había caído en el 1031. Para entonces los almorávides estaban en franca caída y desaparecen pocos años después con la llegada de los “Almohades”. A su vez estos van luchando y perdiendo terreno lentamente y en la batalla de las Navas en 1212 es la gran derrota de los almohades contra tres reyes cristianos. Consecuencia inmediata de la victoria fue la toma de Úbeda y Baeza. El desastre bélico que llevó a los almohades al comienzo de su descomposición como Imperio.
La victoria habría sido mucho más efectiva si no se hubiera desencadenado en aquellos mismos años una hambruna que ralentizó la Reconquista, situación de penurias que se prolongó hasta 1225.
Los musulmanes a consecuencia de esta derrota subió al poder un hombre de 15 años Abu Ya´qub Yusuf II, que solo sirvió para acentuar el declive. Luchas dinásticas a las que siguió el nacimiento de nuevas Taifas.