En el siglo XVIII en las reducciones jesuíticas españolas del
Paraguay y noreste de Argentina fueron desmanteladas. Las causas que condujeron
a la destrucción de esas misiones y a la supresión de la Compañía de Jesús de
toda América (Norte y Sur) y de Europa fueron varios.
Los jesuitas fueron innovadores en la explotación de sus haciendas y propiedades en la América Hispánica. Durante los siglos XVII y XVIII gestionaron con sistemas adelantados a su tiempo. Uno de los más importantes fue la explotación de las minas de Uspallata (Argentina) de plomo, plata y cinc. Agregaron la participación de lo recaudado en las haciendas para ser redistribuido entre indígenas, esclavos y empleados, con lo que fueron los primeros en otorgar una suerte de “títulos de propiedad” a sus subordinados.
La finalidad de estas propiedades era sostener sus colegios, que, debido a una rigurosa concepción del voto de pobreza, eran gratuitos. Sin embargo, la riqueza de estos complejos y haciendas atrajo la ambición de las Coronas y particulares y, a la larga, fue un factor para la supresión de la Orden. Una especia de las actuales cooperativas.
Sucedió que se firmó un acuerdo sobre límites entre España y Portugal entre sus respectivas colonias en América del Sur el 13 de enero de 1750
En los territorios de Portugal se permitía la esclavización de los indígenas (en aquella zona eran guaraníes) mientras que en los territorios españoles todos los indígenas eran automáticamente súbditos de Su Majestad, y por tanto gozaban de su protección, por lo que no podían ser esclavizados. Esta diferencia en el estatus legal de la población indígena, inflamada de forma velada por los propios jesuitas, provocó la resistencia a entregarse a los portugueses, resistencia que acabó estallando en la Guerra Guaranítica, que se extendió de 1752 a 1756, en la que murieron 1700 indígenas y que enfrentó a los guaraníes contra los ejércitos de España y Portugal que defendían la imposición de las nuevas fronteras.
Las misiones no pasaron a manos portuguesas, y esta resistencia de los jesuitas y de los indígenas tutelados por ellos provocó a la larga la reclamación española por las citadas reducciones.
Durante la Guerra de los Siete Años en Europa se firmó el Tratado de El Pardo de 1761 ya con Carlos III, que anuló el Tratado de Madrid, por el que España no debía entregar las Misiones Orientales, al tiempo que Portugal retenía la Colonia de Sacramento.
La capacidad demostrada por la Compañía de Jesús para movilizar una fuerza de miles de indígenas que quedó patente en la Guerra Guaranítica, hizo temer a la Corona española por la estabilidad en la zona y fue el germen de la motivación para la Pragmática Sanción de 1767, por la cual Carlos III decretaba la expulsión de los jesuitas de todos los territorios de ultramar. El primer país en expulsar a la Compañía de Jesús fue Portugal. Esto se puede ver en la magnífica película “La Misión, de 1986, que se basa en las consecuencias de este tratado para una reducción de nombre San Carlos, que se situaba en la actual Argentina, en la provincia de Misiones y no se vio afectada por el Tratado de Madrid. La película de 1986, está ambientada en el siglo XVIII en las reducciones jesuíticas del Paraguay y noreste de Argentina y recrea los eventos que condujeron a la destrucción de esas misiones y a la supresión de la Compañía de Jesús
El portugués marqués de Pombal encerró en el calabozo a 180 jesuitas en Lisboa y expulsó al resto en 1759. Más de mil jesuitas de Portugal y sus colonias fueron deportados con destino a los Estados Pontificios. Clemente XIII protestó por la medida. En 1763, Luis XV de Francia acusó a la Compañía de Jesús de malversación de fondos debido a la quiebra de Antoine Lavalette en Martinica. El Parlamento de París, había impugnado la presencia legal de la Orden en Francia y el Rey decretó la disolución de la orden en sus dominios, y el embargo de sus bienes.
En 1763, Luis XV de Francia acusó a la Compañía de Jesús de enriquecerse y el Parlamento de París decretó la disolución de la orden en sus dominios, y el embargo de sus bienes.
Más tarde, los jesuitas fueron expulsados de la Corona española a través de la orden de Carlos III en abril de 1767 y se decretaba la incautación del patrimonio que la Compañía tenía en estos reinos (haciendas, edificios, bibliotecas), aunque no se encontró el supuesto “tesoro” en efectivo que se esperaba. Los hijos de San Ignacio tuvieron que dejar el trabajo que realizaban en sus obras educativas (lo que supuso un duro golpe para la formación de la juventud en la América Hispana) y sus misiones entre indígenas, como las famosas reducciones guaraníes y las misiones en el noroeste de México (Baja California, Sonora y Sierra Tarahumara) y a lo largo del Amazonas (misiones del Marañón).
El Papa Clemente XIV cedió ante los ilustrados y suprimió la Compañía de Jesús en 1773, a causa de fuertes presiones de las coronas europeas.
En 1789, el mismo año en que la Constitución de Estados Unidos entró en vigor y en el que se inició la Revolución francesa, fue fundada por el ex jesuita John Carroll la universidad católica más antigua de Estados Unidos, la de Georgetown, en Washington D.C.; en el siglo XIX, sería integrada a la Compañía restaurada. Cuarenta años después, en medio de los efectos causados por la Revolución francesa, las guerras napoleónicas y las guerras de independencia en la América Hispánica, Pío VII decidió restaurar a la Compañía. Durante el siglo XIX la Orden sufre las consecuencias de las revoluciones políticas de corte liberal y tiene que afrontar numerosos ataques. Acaba siendo nuevamente expulsada de Portugal, Italia, Francia, España, Nicaragua, Colombia, Ecuador, Alemania, etc. Durante la Gran Guerra no faltaron los jesuitas que se destacaron como capellanes y camilleros en las trincheras; entre ellos se cuentan el beato alemán Rupert Mayer, apodado el apóstol de Múnich. Capellán del ejército y héroe de guerra, sus sermones contra el nazismo motivaron su envío a un campo de concentración. En España, por decreto de 23 de enero de 1932, la Segunda República disuelve la Compañía de Jesús con el pretexto de que obedece a un poder extranjero e incauta todos sus bienes. Durante la guerra civil ese decreto es derogado el 3 de mayo de 1938 y la Compañía vuelve a adquirir plena personalidad jurídica y puede realizar libremente todos los fines propios de su Instituto.
Desde hace
algunos años, en la actualidad la Compañía incluye en su seno diferentes
identidades eclesiales, desde las conservadoras, hasta las más progresistas. Un
ejemplo de estas últimas posiciones es la Teología de la Liberación
desarrollada por algunos jesuitas, entre otros sacerdotes y religiosos, en
América Latina durante los años 1960 y 70. El hecho de tomar partido ha sido a
veces peligroso para los jesuitas. En 1983, el sacerdote James F. Carney (el
Padre Guadalupe), fue asesinado en Honduras por militares debido a su ideología
revolucionaria. Seis años más tarde, el jesuita Ignacio Ellacuría y otros cinco
religiosos de la Compañía, murieron a manos de la Fuerza Armada de El Salvador,
luego de una larga e intensa actividad en defensa de los derechos humanos en
ese país. Varios han muerto en guerras civiles en África, India y el sudeste de
Asia, realizando acciones de ayuda social.